出生在江户，是一个武士之家的次子。幼时勤勉好学，师从儒学家林鹅峰和林凤冈。父荻生景明是德川纲吉的御医。延宝七年（1679），其父因惹怒了德川纲吉被判放逐，荻生一家也被迫从江户搬迁至其母的故乡上总国长柄郡的本纳村（今茂原市）。在13年的本纳村生活中，荻生徂徕自学了汉学、日本学及佛学，学问突飞猛进。元禄五年（1692），幕府赦免了徂徕之父的罪过，徂徕一家得以返回江户。回到江户后，徂徕在增上寺附近开办私塾。相传当时十分贫困的徂徕，受到了附近豆腐店老板的大力帮助。徂徕发迹后，为了报答恩情，每月会拿出一部分俸禄赠予豆腐店老板。赤穗事件中豆腐店不幸被浪人烧毁，徂徕便出资重建了被浪人烧毁的豆腐店，因此留下了“徂徕豆腐”的逸闻。
元禄九年（1696），将军纲吉的亲信柳泽吉保提拔徂徕做自己的讲师，经常就政事询问徂徕的意见。赤穗事件中，儒士们就义士的处置问题争论不休。徂徕认为赤穗义士的行为违背了幕府的法律，罪已至死，但他们的行动符合武士道的义理，故应该让义士们保留武士的尊严，用切腹的方式自行了断。徂徕的建议令柳泽吉保十分满意，最终幕府的判罚与徂徕的意见相同，徂徕因此名声大振。[2]宝永六年（1709），德川纲吉去世，其亲信柳泽吉保失去了政治地位。荻生徂徕于当年离开柳泽府邸，在茅场町开办了萱园私塾，吸引了大批学生，逐渐形成了萱园学派（又称徂徕派）。
随着萱园学派的发展，荻生徂徕的名气也越来越大。时人评价：徂徕的一句批评，能让人
万念俱灰；而徕的一句表扬，能让人欣喜若狂。[3]享保七年（1722）后，荻生徂徕得到幕府第八代将军德川吉宗的赏识，经常在政事上提供建议。1728年享有盛名的荻生徂徕去世，享寿63岁，葬于江户长松寺。